Misja wystartowała 11 lutego 2000 o godz. 17:43:00 UTC ze stanowiska startowego LC-39A KSC (Launch Complex 39A, Kennedy Space Center) w Merritt Island na Florydzie (USA).
Była to 97 misja STS programu lotów wahadłowców i 14 promu kosmicznego Endeavour, której głównym celem było uzyskanie najpełniejszej cyfrowej bazy danych topograficznych Ziemi o wysokiej rozdzielczości za pomocą radaru SRTM (Shuttle Radar Topography Mission).
Podczas misji za pomocą radaru zebrano około 8 terabajtów danych, w celu wykonania wysokiej jakości trójwymiarowe obrazy powierzchni Ziemi.
Na pokładzie Endeavour znajdował się również eksperyment studencki o nazwie EarthKAM , który wykonał 2715 zdjęć cyfrowych podczas misji przez okno z pokładu wahadłowca.
Podczas tej misji uruchomiono także ponownie system palet Spacelab (laboratorium wielokrotnego użytku opracowanym przez ESA), który nie był używany już od dwóch lat.
Załoga STS-99 (z przodu od lewej do prawej): Mamoru Mohri (NASDA) – specjalista misji 4, Gerhard P.J. Thiele (ESA) – specjalista misji 1, (z tyłu od lewej do prawej): Janice Voss – specjalista misji 3, Kevin R. Kregel – dowódca, Dominic L. Gorie – pilot, Janet L. Kavandi – specjalista misji 2.