Misja wystartowała w dniu 3 marca 1969 o godz. 16:00:00 UTC ze stanowiska startowego LC-39A KSC (Launch Complex 39A, Kennedy Space Center) na Florydzie (USA) za pomocą rakiety nośnej Saturn-5 (nr SA-504).
Misja Apollo 9 był to pierwszy lot kompletnego statku przygotowanego do misji księżycowej, drugi lot wyniesiony za pomocą rakiety Saturn-5 i zarazem trzeci lot załogowy w ramach programu Apollo.
Głównym celem misji było testowanie systemu i procedur dla lądowania na Księżycu. Podczas misji sprawdzono wielokrotnie silniki modułu księżycowego LM, plecakowe systemy podtrzymywania życia, systemy nawigacyjne oraz manewry dokowania.
Dziesięciodniowa misja zakończyła się pełnym sukcesem i lądowaniem w dniu 13 marca 1969 o godz. 17:00:54 UTC.
Moduł księżycowy LM pozostał na orbicie do dnia 23 października 1981 kiedy rozpadł się po wejściu w atmosferę.
Załoga Apollo 9 (od lewej do prawej): James A. McDivitt – dowódca, David R. Scott – pilot modułu dowodzenia (CMP), Russell L. Schweickart – pilot modułu księżycowego (LMP)