Misja wystartowała w dniu 16 lutego 1961 o godz. 13:05:00 UTC ze stanowiska startowego LA-3 WFF (Launch Area 3 Wallops Flight Facility) na Wallops Island (Wirginia, USA) za pomocą rakiety nośnej Scout-X1 (nr ST-4).
Explorer 9 (S-56A) był nadmuchaną sferą z naprzemiennych warstw folii aluminiowej i folii poliestrowej Mylar. Na powierzchni aluminium równomiernie rozłożono kropki białej farby o średnicy 5,1 cm w celu kontroli termicznej.
Explorer 9 był pierwszym statkiem kosmicznym umieszczonym na orbicie przez rakietę na paliwo stałe i pierwszym statkiem kosmicznym pomyślnie wystrzelonym na orbitę z Wallops Island.
Statek kosmiczny ponownie wszedł w atmosferę Ziemi 9 kwietnia 1964 r.